Davanın temelini oluşturan iddianame, karmaşık ve oldukça geniş bir yapıyla kurgulanmıştır. İddianamede öne çıkan başlıklar şunlardır:
Davanın, FETÖ/PDY (Fethullahçı Terör Örgütü/Paralel Devlet Yapılanması) tarafından TSK içindeki "Atatürkçü/Ulusalcı" subayları tasfiye etmek için kurgulandığı iddiaları, süreç içinde delillerle desteklenmiştir. 4. Beraat Kararı ve İddianamenin Çöküşü izmir askeri casusluk davasi iddianamesi tam metni
Zafer Kılınç hakkında “görevde yetkiyi zincirleme kötüye kullanmak”, “verileri yok etmemek” ve “FETÖ/PDY üyesi olmak” gibi suçlamalarla dava açıldı. 2018 yılında hazırlanan bir iddianamede Kılınç’ın, “silahlı terör örgütü üyesi olmak” suçundan 7 yıl 6 aydan 15 yıla kadar hapsi istendi. Aynı şekilde hakim Serdar Ergül de hakkında başlatılan soruşturma ve tazminat davaları sürecinde firar etti ve HSK tarafından resmi ilanla aranmaya başlandı. Davanın temelini oluşturan iddianame